С 1 января 2017 г. налогоплательщики, которые обязаны подавать декларацию по НДС в электронной форме, при проведении камеральной налоговой проверки такой декларации должны будут представлять пояснения в электронной форме по ТКС по формату, установленному ФНС. Если пояснения будут представлены на бумажном носителе или в неустановленном формате, они не будут считаться представленными.

С 1 января 2017 года также будет действовать в новой редакции пункт 1 статьи 129.1 Налогового Кодекса, устанавливающий ответственность. В том числе непредставление (несвоевременное представление) пояснений, предусмотренных пунктом 3 статьи 88 Кодекса, в случае непредставления в установленный срок уточненной налоговой декларации,
влечет взыскание штрафа в размере 5000 рублей, при повторном нарушении в течение календарного года применяется штраф в размере 20 000 рублей.

Для направления пояснений в формализованном виде уточните наличие такой возможности у разработчика (поставщика) Вашей бухгалтерской учетной системы или оператора электронного документооборота.

Источник: Отдел камеральных проверок № 1 Межрайонной ИФНС России № 5 по РС (Я)